Die Thomasschule ist eine der ältesten öffentlichen Schulen Deutschlands, erstmals erwähnt im Jahre 1254 als schola exterior des Thomasklosters. Der alte Standort der Schule war direkt neben der Thomaskirche und befindet sich heute im aufwendig renovierten Gebäude in der Hillerstraße 7. Die Thomasschule hat eine führende Rolle im städtischen Schulwesen inne und ist auch heute noch der langen, lebendigen Tradition verpflichtet. Ein fachlich fundierter Unterricht in den naturwissenschaftlichen und musischen Fächern prägt heute das Profil der Schule.
Die angehenden Thomaner besuchen ab der 4. Klasse die Thomasschule und werden in speziellen Thomanerklassen, aus 12 bis 18 Schülern bestehend, unterrichtet. Diese geringen Klassenstärken ermöglichen eine spezifische Ausbildung jedes Einzelnen. Erfahrene Pädagogen arbeiten intensiv mit den Jungen zusammen, dadurch ist ein systematisches Lernen gewährleistet.
In der 3. Klasse beginnen sie mit Englisch als erster Fremdsprache. Ab der 5. Klasse kommt Latein hinzu. Weiterhin werden die Fremdsprachen Französisch und Alt-Griechisch angeboten. In der Abiturstufe ermöglicht das Kurssystem, die bis dahin ausgereiften Interessen und Fähigkeiten im Hinblick auf ein späteres Studium zu vervollkommnen. Grundsätzlich kann der Thomaner mit dem Abitur jede Studienrichtung anstreben.

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